Två vakter och fyra angripare ska ha dödats i närheten av regeringsbyggnaden där presidenten höll till under tisdagen, under ett regeringsmöte.
Under natten till onsdag, efter mer än fem timmars skottlossning, meddelade president Umaro Sissoco Embaló att situationen var under kontroll.
Enligt vittnen på plats ska flera beväpnade soldater och civila personer ha gått in i regeringsbyggnaden, som även omringats av soldater i samband med kuppförsöket, rapporterar AFP.
Oklart vem som ligger bakom
En AFP-journalist på plats ska ha blivit beordrad att lämna området och det är ännu oklart vem eller vilka som ligger bakom attacken.
Enligt presidenten är den troligtvis kopplad till regerings kamp mot knarkhandel.
– Attacken var välplanerad och organiserad, och kan vara kopplad till personer som ägnar sig åt droghandel, säger han enligt Reuters.
Det är välkänt att sydamerikanska narkotikaligor brukar passera det tidigare portugisiska koloniallandet på vägen till Europa.
Men enligt Västafrikanska staters ekonomiska gemenskap, ECOWAS, ligger troligtvis militären bakom kuppförsöket.
”Det var en attack på demokratin och folket”, twittrade organisationens ordförande Jean-Claude Kassi Brou på onsdagen.
Flera kuppförsök i landet
Det är den tionde kuppen eller kuppförsöket som rapporterats i det västafrikanska landet sedan befrielsen från Portugal 1974.
Landet har omkring 2 miljoner invånare och har bara haft en enda demokratiskt vald ledare som suttit en hel mandatperiod. Den nuvarande presidenten tillträdde för snart två år sedan, i februari 2020.
Enligt Reuters har landet fastnat i ett politiskt dödläge och strider. Men det brottas inte med samma säkerhetsproblem som bland annat Burkina Faso och Mali, som haft en respektive två militärkupper under de senaste 18 månaderna.