Dödsorsaken är inte fastställd, men polisen uppger att författaren hade skador på halsen och i ansiktet när hans kropp upptäcktes på lördagen. Det finns tecken på att han blivit kvävd.
Utredarna tror att Koumandareas var med vänner på ett kafé i fredags kväll. Enligt medier ursäktade han sig och sade att han var tvungen att gå hem till sin våning.
Det finns inga tecken på att dörren till hans lägenhet brutits upp med våld.
Menis Koumandareas var 83 år. Han skrev ett 20-tal romaner, novellsamlingar och essäer. Han har belönats med många utmärkelser och verken finns översatta till flera språk. Översättningar av Ernest Hemingway och Scott Fitzgerald hör också till Koumandareas insatser under ett halvt sekel, från 60-talet och framåt.
Kostas Tasoulas, Greklands kulturminister, talar om ett ”tragiskt dödsfall” som berövar den grekiska litteraturen en av dess främsta företrädare.