Mannen leder den radikala församlingen tillsammans med sin bror som antas vara kvar i moskén med cirka 500 av de mest beväpnade och hårdföra studenterna.
Tidigare i dag har skottlossning förekommit mellan omringade studenter och soldater, hittills har 16 liv krävts. Drygt 1.100 studenter uppges ha gett upp och lämnat moskén mot amnesti.
Abdul Aziz redan ställdes raskt inför en domstol, där han åtalades misstänkt för att ha planerat terrordåd och kidnappning av sju kineser, sade myndighetskällor till nyhetsbyrån AFP.
Moskéöverhuvudet framträdde själv i domstolen i Rawalpindi nära Islamabad.
En av AFP:s källor sade att Abdul Aziz åtalas på 25 punkter och att han nu häktats.