Vattnet steg snabbt efter att kraftigt regn fallit över Baghlanprovinsen under natten till lördagen. Omkring 200 människor saknas efter översvämningarna, 2 000 bostäder har förstörts och tusentals har tvingats lämna sina hem, uppger polisen för BBC.
-Detta är en stor katastrof. Samhällen har förlorat allt: mark, boskap och försörjning, säger Baghlans polischef Aminullah Amarkhel.
Räddningstjänsten i provinsen förklarar att det flyter lik på floden.
-Det regnar kraftigt och vi gör vårt bästa för att hitta fler kroppar. Just nu ligger vårt fokus på att bistå överlevande, säger räddningstjänstens chef Ahmad Nasir Kohzad till nyhetsbyrån Reuters.
En polistalesman för Baghlan-provinsen sade att det skulle ta tio timmar att nå det avlägsna och bergiga området.
Förra månaden begravdes stora delar av en by i Badakhsan-provinsen nära gränsen till Kina efter ett jordskred som orsakats av kraftiga regn. Omkring 700 familjer blev hemlösa och dödssiffran är fortfarande oklar, det har förekommit uppgifter från 250 upp till 2.700 dödsoffer.