Djotodia sägs ha accepterat kraven som framfördes under det regionala samarbetsorganet Eccas krismöte om Centralafrikanska republiken (CAR) i onsdags.
För att CAR inte ska isoleras kräver ledarna i stället att Djotodia lämnar presidentposten, att ett övergångsråd bildas med representanter för politiska och sociala krafter i landet, och att en ny interimspresident utses av rådet att styra landet fram till nyval inom högst 18 månader.
Djotodia, som störtade den förre presidenten François Bozizé i en kupp i mars, kommer att gå med på kraven, sade hans premiärminister Nicolas Tiangaye och kommunikationsministern Christophe Gazam Betty.
Bozizé å sin sida erbjuds att söka asyl i Benin.
Jacob Zuma har meddelat att Sydafrika drar tillbaka sina styrkor från CAR, enligt Zuma för att avtalet som ledde till att de skickades dit inte längre gäller sedan Bozizés regering föll. Insatsen har fått hård kritik på hemmaplan.