Djotodia meddelade i måndags kväll att han kommer att styra genom dekret fram till dess att val ska genomföras 2016. Han lovade även att återställa ordningen i landet och utfärdade ett nattligt utegångsförbud.
Den runt sextioårige Djotodia är en tidigare statstjänsteman och diplomat. Sedan 2005 har han varit en av ledargestalterna bland rebellerna.
Enligt FN har tiotusentals människor flytt från Centralafrikanska republiken till grannländer som Kongo-Kinshasa och Kamerun, rapporterar BBC.
Flera danska biståndsarbetare har fått hjälp att lämna Centralafrikanska republiken sedan gerillan intog staden, rapporterar nyhetsbyrån Ritzau. Minst en dansk finns ännu kvar i landet.
Republiken är, trots stora mineraltillgångar, mycket fattig och ett av världens minst utvecklade länder till följd av den kroniska politiska instabiliteten sedan självständigheten från Frankrike 1960.