Den 62-årige mannens familj ska ha bevittnat attacken, som skedde på en flod i en avlägsen del av Kakadu.
Enligt polisen fick mannens fru och svärdotter köra två timmar för att komma till ett ställe där de kunde slå larm, medan sonen stannade kvar för att leta efter fadern. Senare sköts två stora krokodiler i närheten. En av dem visade sig innehålla mänskliga kvarlevor, säger polischefen Andrew Hocking.
Krokodilexpert Graeme Webb säger att krokodilattacker är ovanliga så här års, när vädret blir svalare i Australien.
– Jag vet inte vad som hänt i det här fallen men det låter förfärligt. . . Man kan inte föreställa sig hur mannens familj känner sig.
Regeringen uppskattar att mellan 75.000 och 100.000 krokodiler finns i Australien.