Beskedet om att stänga gränsen kom från myndigheterna i Rwanda under torsdagen, strax efter att en man avlidit av sjukdomen i miljonstaden Goma, som ligger på gränsen mot Rwanda.
Den rwandiska ministern Olivier Nduhungirehe bekräftar uppgifterna för AP.
Fler än 1 700 döda
Ebolautbrottet i Kongo-Kingshasa har hittills krävt fler än 1 700 liv sedan det började för snart ett år sedan, skriver TT. Världshälsoorganisationen WHO klassar det som ett internationellt nödläge. WHO säger även att det finns en stor risk för spridning i landet.
Under torsdagen uppgav sjukvårdskällor att ytterligare tre fall av ebola har konstaterats i Goma.