Han dömdes till döden den 5 november i år för att ha beordrat morden på 148 shiamuslimer i staden Dujail 1982.
Avrättningen ägde rum i ett av hans gamla tortyrfängelser i Bagdad. Under dagen visade irakisk tv bilder av ögonlicken före hängningen och bilder gick också ut över världen.
Senare på lördagen flögs stoftet till släktens hemort Tikrit och begravning skulle ske på söndagen.