Utnämningen bygger på ett roterande schema där regeringens sju medlemmar årligen avlöser varandra på presidentposten.
Den 54-åriga socialdemokraten Sommaruga har suttit i regeringen sedan 2010, det år som Schweiz blev ett av få länder i världen med kvinnlig majoritet i regeringen.
Sommaruga, som är en stark förespråkare av jämställda löner, kommer att ta över presidentposten den 1 januari och blir då landets femte kvinnliga president.