84-årige Paul Schäfer ska också betala 1,4 miljoner dollar i skadestånd, rapporterar nyhetsbyrån Reuters.
Schäfer grundade sekten, Colonia Dignidad, tillsammans med andra tyska invandrare på 1960-talet. Församlingen levde isolerad från omvärlden, utan tv och telefoner. Barnen bodde för sig, vilket underlättade övergreppen.
Kolonin uppläts också som fångläger under Augusto Pinochets diktatur.