De misstänkta ställdes inför två separata domstolar på tisdagen och bådas advokater hävdade deras oskuld. Polisen anklagar dem för att ha planerat dåd med ”stöd och vägledning” från element inom al-Qaida i Iran.
Irans utrikesminister Ali Akbar Salehi avfärdade omedelbart kopplingen som det konstigaste han hört under sina 64 år i livet.
Skulle slå mot tåg
De två männen i 30-årsåldern misstänks av kanadensisk polis för att ha förberett ett dödligt terrordåd mot järnvägen.
– Hade det genomförts hade det lett till att oskyldiga dödats eller skadats allvarligt, sade James Malizia vid Kanadas federala polis RCMP på måndagen.
Enligt amerikanska tjänstemän ska männen ha siktat in sig på linjen Toronto – New York. Planerna verkar dock inte ha varit särskilt långt framskridna och inget talar för att dådet var nära förestående, enligt polisen.
Det gick ett sus bland den församlade pressen när Iran nämndes, även om polisen var noga med att poängtera att man inte tror att den iranska staten skulle vara inblandad.
Iran misstänksamt
Irans shiamuslimska prästvälde är inte känt för att hysa sympati för det sunniextremistiska al-Qaida – och vice versa.
– Tanken att jihadister som al-Qaida skulle sitta och prata med iranierna är ytterst långsökt, säger den brittiske säkerhetsexperten Michael Stephens till Reuters.
En del medlemmar, även högt uppsatta, tros dock befinna sig i Iran. Vissa hålls i husarrest med viss frihet, medan andra sitter i fängelse.
Om al-Qaida trots detta har deltagit i terrorplanering utomlands skulle det vara ett stort avsteg från en outtalad överenskommelse, anser terrorismexperten Seth Jones.
– Irans regim har varit tydlig med att ingen operativ planering får ske inifrån Iran eftersom det skulle sätta regeringen under press, säger Jones till kanadensiska CBC.
De båda misstänkta ställdes inför två separata domstolar i dag; den ene i Montréal och den andre i Toronto. Bådas advokater låter förstå att anklagelserna kommer att bestridas, rapporterar kanadensiska CBC.