Maute, som är en IS-trogen terrororganisation, gick till attack mot staden under tisdagen och ska bland annat ha bränt ner fängelset och polisstationen.
Man ska nu kontrollera delar av staden och på bilder och filmer som postats på sociala medier kan man se kraftigt beväpnade män som patrullerar på gatorna.
President Rodrigo Duterte befinner sig just nu på statsbesök i Ryssland, men har meddelat att han kommer att resa hem tidigare på grund av läget i Marawi.
Myndigheter uppmanar alla 200.000 invånare i Marawi att stanna inomhus.
Samtidigt har den filippinska militären omringat staden och förbereder en offensiv.