Det är samma virus som dödade fyra personer i Turkiet och smittade minst 21 andra människor.
De misstänkta fallen hittades bland höns i förra veckan och ledde till att bilar desinficerades och höns hölls inomhus. EU har nu gett order om att inga levande fåglar, fågelprodukter eller fjädrar får föras ut.
Första fallet på ön
Byn, som ligger 18 kilometer öster om kuststaden Famagusta, har försatts i karantän. Det var det första fallet av H5N1-smittan på ön.
Sedan de sjuka fåglarna upptäckts har turkiska myndigheter slaktat omkring 1 500 fjäderfän som en försiktighetsåtgärd.
EU-experter till området
Inget fågelkött får nu passera den sk gröna linjen som delar Cypern i två delar, den turkiska delen i norr och den grekiska delen i söder.
Två EU-experter kommer nu att åka till området och undersöka situationen. EU är också villigt att hjälpa till med övervakning för att förhindra att smittan sprids. Så sent som i augusti förra året bedömde EU-kommissionen det som att det var mycket liten risk att fågelinfluensan skulle komma till Europa den närmaste framtiden.