Enligt Het Nieuwsblad fördes 74-åringen, som av många experter anses som den största i cykelhistorien, till sjukhus i Dendermonde utanför Gent med svåra huvudskador.
Läkarteamet behandlade Merckx varsamt då han sedan 2013 har en pacemaker inopererad på grund av oregelbunden hjärtrytm, något han troligen hade under den aktiva karriären för 40-50 år sedan.
Enligt hustrun Claudine är allt under kontroll och Merckx ska under dagen ha flyttats från intensiven till en vanlig vårdavdelning för nya tester.
Belgaren arbetade med arrangören av Tour de France fram till 2017. Under elva år var han även belgisk förbundskapten, och hyllades i år med starten av klassikern i Bryssel, detta 50 år efter sin första totalseger i Tour de France.