Reservlagets tränare Sergi Barjuan ledde Barcelona bara några dagar efter att tålamodet tagit slut med Ronald Koeman.
Andra raka förlusten i La Liga, 0–1 borta mot Rayo Vallecano tidigare i veckan, blev Koemans sista match på jobbet.
En tiondeplats i La Liga efter tio matcher duger inte.
Sergi Barjuan leder laget till en ersättare hittats.
Men det blev knappast bättre utan Koeman.
När Memphis Depay slog till med ett drömmål – han skruvade in bollen i bortre hörnet – i 52:a minuten såg det ut som om något äntligen var på gång mot Alaves, precis ovanför nedflyttningsstrecket på 16:e plats.
Men kallduschen kom nästan direkt. Två minuter senare kunde Luis Rioja kvittera sedan han sprungit igenom hemmaförsvaret och väggspelat sig fram med Joselu till ett friläge.
Memphis Depay var sedan ett stolpskott från att bli tvåmålsskytt.
Aguero förd till sjukhus
Som ytterligare salt på Barcelonasåren fick mittbacken Gerard Piqué utgå skadad i andra halvlek. Även anfallaren Sergio Aguero tvingades lämna planen i första halvlek. Barcelonas anfallare fördes till sjukhus efter att ha haft bröstsmärtor under lördagens möte med Alavés, meddelar klubben på sin hemsida.
Agüero ska ha haft ont i bröstet under stora delar av första halvlek och ersattes av Philippe Coutinho i halvtid för att föras till sjukhus och en hjärtundersökning.
John Guidetti fick se hela matchen från Alavesbänken.
KLIPP: Rolfö målskytt för Barcelona (14 oktober)