Malmö FF hade med sig 3-2 inför returen mot Vikingur på Island, men det var ett försprång som hemmalaget snabbt skulle ta igen.
En kvart in i matchen bjöd Vikingurs Pablo Punyed på en fin prestation.
Den El Salvadorianske landslagsmannen transporterade bollen från mittplan innan han i höjd med MFF:s straffområde släppte bollen till Karl Gunnarsson. När den sistnämnde lämnades ensam gjorde han inga misstag och borrade in bollen vid Johan Dahlins högra stolpe.
Trots den sena timmen sken solen i dubbel bemärkelse över Vikingsvöllur i Reykjavik där publiken började andas sensationsluft.
De svenska mästarna ville dock annat och i den 34:e minuten friställde Isaac Kiese Thelin Veljko Birmancevic med en skarv.
I friläget avslutade den 24-årige serben med att tunnla Ingvar Jonsson i hemmamålet och det var utjämnat, 1-1.
Beijmo offensiv
MFF fick sedan med sig ett pyskologiskt viktigt mål precis innan halvtidsvilan efter att Sergio Pena serverat Felix Beijmo.
Bejimo, som för dagen hade en mer framskjuten position i och med att Milos Milojevic ställt upp med en fembackslinje med offensiva ytterbackar, lyckades efter en del om och men att sätta bollen i mål.
Milojevic, som tränat Vikingur mellan 2013-2017, vi sedan se sitt Malmö trycka på direkt efter paus och ännu en gång var det Beijmo som kom löpande från högerkanten och in i straffområdet.
Denna gång passade 24-åringen till en helt fristående Anders Christiansen som med en enkel bredsida ökade på till 1-3 för MFF.
Vikingur gav sig inte utan skapade rejäl nerv i matchen. Knappt tio minuter efter Christiansens mål reducerade Nikolaj Hansen 2-3 efter svagt himmelsblått försvarsspel.
Litauiska mästaren väntar
Med kvarten kvar att spela tryckte Karl Gunnarsson in sitt andra mål för dagen efter en hörnvariant och de isländska mästarna var då bara ett mål i från att ta dubbelmötet till förlängning på konstgräset i Reykjavik.
MFF lyckades dock hålla undan och är vidare till den andra kvalomgången i Champions League efter totalt 6-5.
Där väntar Litauiska mästaren Zalgiris, ett motstånd Malmö FF mötte och slog ut 2015 i just den andra kvalomgången.
Malmö FF inleder på bortaplan tisdag den 19 juli, returen i Malmö spelas en vecka senare.
HÖJDPUNKTER: Vikingur–Malmö FF 12 juli
