Mutko, i egenskap av tidigare idrottsminister i Ryssland, är sedan tidigare avstängd på livstid av Internationella olympiska kommittén (IOK) efter avslöjandena om statsstödd, systematisk dopning inom rysk idrott.
Alexander Alajev kommer temporärt att ersätta Mutko som ordförande för fotbollsförbundet.
”Kommer fortsätta”
Mutko kommer dock att fortsätta som ordförande i organisationskommittén för nästa års fotbolls-VM i Ryssland.
– Angående frågorna och relationerna med Fifa och organisationskommittén så kommer jag så länge presidenten (Vladimir Putin) litar på mig fortsätta som vice premiärminister och med att övervaka förberedelserna inför mästerskapet, säger han.