Portos iranske anfallare Mehdi Taremi slog till med en vältajmad cykelspark och gjorde matchens enda mål.
Det räckte inte för avancemang i Champions League-slutspelet.
Chelsea är semifinalklart.
Londonlaget hade 2–0 från det första mötet, en ledning som räckte. Taremis läckra mål i matchminut 93 – när han mötte ett inlägg från höger och överlistade Edouard Mendy – blev matchens enda nätrassel.
Båda matcherna i dubbelmötet avgjordes i Sevilla på grund av coronarestriktioner.
Från tisdagskvällens andra kvartsfinalmöte avancerade PSG. Det franska huvudstadslaget fick revansch på Bayern München för fjolårets finalförlust.
SVT:s nyheter ska stå för saklighet och opartiskhet. Det vi publicerar ska vara sant och relevant. Vid akuta nyhetslägen kan det vara svårt att få alla fakta bekräftade, då ska vi berätta vad vi vet – och inte vet. Läs mer om hur vi arbetar.
