I mitten av första halvlek pangade Sanne Troelsgaard in 1-0 via ribban efter att bollen studsat runt i straffområdet efter en hörna.
– Det är skönt att kunna göra mål ändå, säger danskan efter att ha fått spela ytterback enligt Aftonbladet.
När Loreta Kullashi fick spela i anfallet flyttades Troelsgaard ner i backposition från den normala i anfallet.
I mitten av andra halvlek satte Jelena Jankovic 2-0 från straffpunkten efter att Mimmi Larsson blivit bryskt fälld av Hammarbys målvakt Anna Tamminen.
Tränaren irriterad efter insläppt reducering
På tilläggstid reducerade Hammarby till 2-1 efter att det inte rensats ordentligt i försvaret, något som retade Rosengårds tränare.
– Vi ska inte bjuda på det alls, så jag är missnöjd, säger Renée Slegers till Sydsvenskan.
Rosengård kunde avgjort matchen redan i första halvlek men satte inte de lägen som uppstod.
– Jag tycker vi kan döda matchen mycket tidigare och göra både 3-0 och 4-0 så det slipper bli så här onödigt spännande, säger Caroline Seger.
I onsdag spelade blev Rosengård utslaget av tyska Hoffenhiem med sammanlagt 3-6 (0-3,3-3)