I halvtid av fredagskvällens match fick funktionärer på arenan försöka dölja nazistsymbolen, som var markerad i gräset, antingen inklippt eller påmålad.
Rasistiska ramsor under förra månadens match mot Norge hade lett till att matchen spelades inför tomma läktare. Förra matchen mellan Italien och Kroatien, som spelades på San Siro i Milano, fick avbrytas en stund efter oroligheter. Frågan är hur Uefa reagerar på dagens incident.
– Vi ska tala om det imorgon, men jag är arg och besviken, sade det kroatiska förbundets ordförande Davor Suker till Rai efter matchen.
Matchen slutade 1–1.