33-årige Modric vann tidigare i år även Fifas eget pris, The Best.
Den här gången fick han 753 röstningspoäng, klart före tvåan Cristiano Ronaldo och trean Antoine Griezmann. Lionel Messi på femteplats fick också se sig besegrad av Paris Saint-Germains Kylian Mbappé.
– Som barn har vi alla drömmar och min dröm var att spela för en stor klubb och att få Ballon d'Or. Det är en stor ära att få det här priset, säger Modric.
Den unga fransmannen, Mbappé, fick priset till bästa unga spelare. Det var första gången priset, med namnet Trophée Kopa delades ut.
Den senaste att vinna Ballon d'Or som inte är Ronaldo eller Messi är brasilanaren Kaká. Det var år 2007.