De nya reglerna, som stoppar transpersoner från spel, är en följd av ett beslut i högsta domstolen i Storbritannien den 15 april.
Endast personer födda som kvinnor kommer att få spela damfotboll.
”Detta är ett komplext ämne, och vår ståndpunkt har alltid varit att om det sker en väsentlig förändring i lagen, vetenskapen eller tillämpningen av policyn inom breddfotbollen, skulle vi se över den (policyn) och ändra den om det behövs”, skriver FA på sin hemsida.
Inga transpersoner registrerade i proffsligorna
FA skriver också:
"Vi förstår att detta kommer att vara svårt för personer som helt enkelt vill spela den sport de älskar i det kön de identifierar sig som, och vi kontaktar nu de registrerade transkvinnor som för närvarande spelar för att förklara förändringarna och hur de fortsatt kan vara delaktiga i sporten".
Förra månaden sa FA att det fanns 20 transpersoner registrerade bland miljontals amatörspelare. Det finns inga registrerade transsexuella kvinnor i de professionella ligorna.
Frågan om könstillhörighet och transpersoners rättigheter i idrotten har varit omdebatterade de senaste åren och en rad idrotter har sett över sina regelverk.