Malmö inledde åttondelsfinalen piggt och hade dubbla ramträffar i första perioden.
Men det dröjde fram till inledningen av andra perioden innan man fick utdelning.
Frederik Storm snodde pucken innanför blå och lämnade över till Nichlas Hardt för friläge. Hardt avslutade i skäret och rakt upp i nättaket.
Överrumplat av Trinec
Malmö hade förtvivlat svårt att producera i powerplay-spelet stod sig 1-0-ledningen andra perioden ut.
Det utnyttjade Trinec genom att rivstarta sista perioden. Trinec-stjärnan Martin Adamsky stormade in i Malmö-zon på en soloräd. Med sin höga fart tog han ett varv runt Malmö-buren och ställde Oscar Alsenfelt innan han serverade Vladimir Svacina till öppet mål och kvittering 1-1.
Hemmalaget var överrumplat av Trinec och hittade aldrig riktigt tillbaka in i matchen.
Tunga baklängesmålet: ”För dåligt”
I stället hade gästerna kontroll på tillställningen – som när man fick passa runt i Malmö-zon med tre minuter kvar av matchen. Det kombinationsspelet avslutades med att Aron Chmielewski framför mål styrde in 2-1 bakom Alsenfelt.
– Det är dåligt. Vi har många chanser, men vi måste göra mål , säger Storm.
Nu väntar en tuff returmatch i Tjeckien där Malmö nu måste vinna.
– Om vi är effektiva där nere i Tjeckien kommer vi att gå vidare.