Inför det åttonde skottet, efter vilket den lägst placerade slås ut, låg han sist. Han behövde ta 0,1 poäng på ukrainaren Vasyl Kovalchuk för att vara kvar i tävlingen. Men Jönssons 10,3 räckte föga mot Kovalchuks 10,8.
Jönsson hade medaljförhoppningar efter det lyckade kvalet, där han ett tag låg i ledning.
– Det har varit en riktigt rolig dag faktiskt. Det lossnade direkt från start. Sedan får man försöka jobba på det sista, säger Philip Jönsson.
Slovenien tog guld och silver, Veselka Pevec före Gorazd Francek Tirsek. Guensoo Kim från Sydkorea tog bronset.
Ellinor Axelsson-Vaughn blev 16:e.