Sjöström låg tvåa inför sista dagen efter Kaylee McKeown, Australien, som slog världsrekord både på 50 och 100 meter ryggsim i sista deltävlingen i Budapest.
Men det var jämnt i kampen om pallplatserna i totalen.
Sjöström var anmäld på både 100 meter fjäril och 100 meter fritt på söndagen, men avstod fjärilen.
Då kunde både Siobhan Haughey och Zhang Yufei ta sig förbi svenskan i totalen efter kanontider i sina segerlopp på 100 meter fritt (52,24) respektive 100 meter fjäril (56,13).
Små marginaler
Det fattades 0,7 poäng upp till Zhang på tredje plats och 0,9 poäng till Haughey på andra.
McKeown vann totalen med elva poängs marginal.
Haughey utklassade Sjöström med över sekunden på 100 meter fritt och var bara halvsekunden över svenskans världsrekord från 2017.
Sjöström noterade 53,25 i ett svensktätt lopp där Michelle Coleman blev sexa (54,66) och Sofia Åstedt åtta (55,15).
Vann allt på 50 meter
Sarah Sjöström tog sig obesegrad genom både 50 meter fritt och 50 meter fjäril – totalt sex segrar – och fick motsvarande 220 000 kronor i bonus för den bedriften.
– Jag är väldigt nöjd med att jag lyckades ta pallplatser på allting. Men framför allt med 50 fritt och 50 fjärilsim. Det var riktigt tuff konkurrens hela vägen igenom men jag lyckades ändå få till lite bra grejer så här tidigt på säsongen, säger Sjöström till SVT Sport.
– Det var kul att de andra svenskarna också simmade bra i Budapest. Vi kunde peppa varandra, säger hon också.
Fjärdeplatsen i totalen gav motsvarande drygt 150 000 kronor.
För Sjöström är tävlingsåret över då hon har valt att avstå kortbane-EM i Rumänien i december. Sjöström fokuserar i stället på långbane-VM i februari som förberedelse inför OS i Paris.
Louise Hansson tog också en andraplats sista dagen på 100 meter fjäril där hon med tiden 57,61 var 1,48 sekunder bakom Zhang Yufei.
– Det har varit kul att komma igång med tävlandet igen. Kanske inte direkt tiderna jag hoppats på men det är mindre fokus på tider så här tidigt på säsongen, säger Hansson.