Anmälan gäller chefens agerande i samband med att en fd anställd i våras avslöjades med att ha förskingrat 36 miljoner kronor.
Enligt anmälan har chefen brustit i hur han delegerat beslut och ansvar. Dessutom ska det ha funnits brister i uppföljningen av gjorda utbetalningar.
Försäkringskassan håller på med en intern utredning för att se hur förskingringen kunde genomföras.