Enligt den nya lagen är det inte tillåtet för en säljare att ta ut en avgift när någon betalar med till exempel ett konto- eller kreditkort.
Bolagen, Mr Jet, Travel Store och Wizz Air, har fram till den 22 september på sig att svara på Konsumentverkets kritik.
Även Ryanair anmält
Många konsumenter har också anmält lågprisflygbolagen Ryanair och Norwegian för samma sak.
Men i de fallen kan inte Konsumentverket agera eftersom de har valt att följa sina respektive hemländers lagstiftning, som inte har något förbud mot kortavgifter.
TT