Det finns ingen teknisk utredning som säkert visar om någon annan utövat våld mot kvinnan eller om hon avled genom en olyckshändelse, säger rätten.
Åklagaren är besviken över att pastorn frias på den punkten, men tänker inte överklaga. Fossmos advokat driver dock livstidsdomen till Högsta domstolen.
Barnflickan sägs vara mycket lättad över att hon dömdes till vård.
Fastställde livstidsdom
Svea hovrätt fastställde livstidsdomen mot Knutbypastorn Helge Fossmo och domen om rättspsykiatrisk vård för den så kallade barnflickan.
Pastorn fälls för anstiftan till mord och mordförsök. Hovrätten anser det styrkt bortom alla tvivel att han låg bakom mordet på sin andra hustru och två mordförsök; hammarattacken mot hustrun och skottet mot en granne.
Barnflickan tillförlitlig
Barnflickan döms för att ha genomfört de båda mordförsöken och mordet.
Hovrätten anser att barnflickans berättelse är helt tillförlitlig.
Förutom barnflickans egen berättelse utgör Fossmos många sms till henne den starkaste bevisningen mot honom.
Barnflickan uppges vara nöjd med vårddomen.
-Hon är mycket lättad och lycklig. För henne var det efterlängtat med ett slutligt ställningstagande att hon får vård, säger barnflickans försvarare, advokat Christer Söderberg till TT.
Barnflickan befinner sig nu på ett vårdhem i Vadstena.
Tänker överklaga
Advokat Ola Nordström, som försvarar pastorn Helge Fossmo, säger att han är besviken över hovrättens dom. Såväl han som Helge Fossmo trodde på en friande dom även om de var inställda på att tingsrättens dom skulle slås fast eftersom Fossmo inte blivit frisläppt ur häktet.
De planerar nu att överklaga domen.
– Vi vet att chanserna är små men Fossmo vill gripa det halmstrå som finns. Han kan inte förstå hur man kunnat döma honom eftersom han är oskyldig, säger Ola Nordström till TT.