Brottet misstänks ha skett i Malmö under förra helgen. Polisen har tidigare sagt att det inte rör sig om en överfallsvåldtäkt och att brottet ska ha begåtts inomhus mot en minderårig flicka.
– Alla tre är häktade och på sannolika skäl misstänkta för våldtäkt, säger Ola Lavie, åklagaren som ledde häktningsförhandlingen under onsdagseftermiddagen.
Pojkarna anhölls under söndagen, inledningsvis var rubriceringen grov våldtäkt.
– Domstolen bedömer rubriceringen som våldtäkt, säger Ola Lavie.