Byn befolkades av människor från folkgruppen dogon, rapporterar en lokal talesperson och säkerhetskällor. Dogonfolket bor traditionellt i bostäder i klippskrevor.
– Just nu har vi 95 döda civila. Kropparna är brända. Vi fortsätter att leta efter fler, säger en talesperson i distriktet Koundou där det drabbade samhället Sobane-Kou ligger.
Enligt en malisk säkerhetskälla har samhället ifråga i princip utplånats.
Hundratals dödade
Strider mellan dogonjägare och boskapsskötare från folkgruppen fulani har dödat hundratals människor sedan januari. I mars dödades fler än 150 i en av de värsta attackerna i Mali på många år.
Konflikten har förvärrat en redan svår säkerhetssituation i det västafrikanska landets ökenområden, som även används som bas för jihadistgrupper kopplade till al-Qaida och IS.