Fartyget hade under tisdagen hamnat i sjönöd i hårt väder, och kustbevakningens fregatt fick kämpa i över ett dygn för att undsätta fartyget, enligt myndigheten. Räddningsoperationen är en av de största som den grekiska kustbevakningen utfört.
Bland migranterna fanns omkring 200 kvinnor och barn. De flesta kommer från Syrien och Afghanistan.