Ett militärråd kommer att styra Sudan de kommande åren. Luftrummet och flygplatser stängs i 24 timmar. Gränserna stängs tills vidare.
Försvarsministern Awad Mohammed Ibn Ouf har utfärdat ett tre månader långt undantagstillstånd, och upphävt grundlagen. Efter övergångsperioden kommer val att hållas.
Redan tidigare under torsdagen uppgav källor för Reuters att Omar al-Bashir hade lämnat sin post. Enligt vittnen och internationella medier hade flera militärfordon setts köra in i högkvarterets område där presidenten haft sitt residens.
Oenigheter bland demonstranterna
Enligt källor till Reuters avvisar Sudans största protestgrupp försvarsministerns uttalande, och uppmanar till fortsatta demonstrationer. De motsätter sig ett tvåårigt militärt styre, rapporterar nyhetsbyrån.
Protestgruppen SPA uppmanar demonstranter att fortsätta den sittstrejk som började under lördagen.
Awad Abdel-Bayen, en ledande person i Sudans kommunistparti, beskriver militärkuppen som en förlängning av al-Bashirs styre. Flera aktivister på sociala medier skriver ”nej till militärstyre”, och ”revolutionen fortsätter”.
Utbrett missnöje
Gripandet kommer efter flera månader av protester i landet. Ett regeringsbeslut om att avskaffa livsmedelssubventioner, som ledde till kraftigt höjda matpriser, ses som droppen som fick bägaren att rinna över.
– Efter det började folket att protestera och sedan har det fortsatt men blivit mer fokuserat mot presidenten. För bara några dagar sedan anslöt även delar av militären till demonstranterna. Detta gjorde man för att man påstod att man blev attackerad av al-Bashirs säkerhetsstyrkor, säger SVT:s utrikesreporter Johan Ripås.
Enligt en FN-rapport är Sudan ett av de länder i världen där flest människor är akut hungrande.
Misstänkt för krigsförbrytelse
Innan gripandet bekräftades sa Johan Ripås att risken att al-Bashir skulle försöka lämna landet var stor.
– Risken är stor att han sätts på ett flygplan till ett land som är beredda att ge honom en hemvist. För han är efterlyst av internationella brottmålsdomstolen (ICC) misstänkt för krigsförbrytelser och folkmord i regionen Darfur, sa han.
Omar al-Bashir har lett Sudan i 30 år. 1989 ledde han en militärkupp som avsatte den demokratiskt valde Sadiq al-Mahdi och 1993 tillträdde han som president.