Detonationen intäffade på en byggarbetsplats intill spårområdet vid stationen Donnersbergerbrücke, cirka en kilomter från Münchens centralstation. Enligt polisen är det en gammal bomb från andra världskriget som har detonerat.
Explosionen inträffade när byggarbetare höll på att borra för att bygga en tunnel, uppger polisen.
Tågtrafiken stoppad
På bilder från stationen syns rök från spårområdet, och tågtrafiken till och från stationen stoppades omedelbart, skriver Deutsche Bahn på sin hemsida. Tågtrafiken väntas vara avstängd fram till i kväll, enligt Deutsche Bahn.
Ett stort polis- och räddningspådrag finns på plats, rapporterar Bild. Det ska enligt polisen inte vara någon fara för allmänheten.
Mer än 2 000 ton skarpa bomber och ammunition upptäcks varje år i Tyskland, mer än 70 år efter att andra världskriget avslutades.