Lokala medier visade bilder på hur flygplanets sida fattade eld precis efter att det landat. Enligt Japan Airlines ska 379 personer befunnit sig ombord, och alla kunde evakueras.
En av de 379 evakuerade var svenske Anton Deibe.
Resten av planet antände fort, och stod i full brand inte långt efter att passagerare och besättning kommit undan.
Enligt det japanska public service-bolaget NHK kolliderade passagerarplanet med ett flygplan från japanska kustbevakningen. Fem av de sex personer som fanns ombord omkom i olyckan. Endast kaptenen lyckades lämna planet oskadd.
Enligt kustbevakningen var planet i fråga på väg att leverera förnödenheter till det område som skakades av ett allvarligt jordskalv under nyårsdagen.
Alla Haneda-flygplatsens start- och landningsbanor har stängt för tillfället. Haneda är Japans största flygplats, och just nu reser många på grund av nyårshelgen.
Räddningstjänst är i nuläget fortfarande på plats och försöker släcka elden.