5.000 personer fanns på plats i Santiago när militärbiskopen Juan Barros Madrid inledde högtidsstunden.
Tusentals chilenare som inte lyckades ta sig in och följa mässan fick nöja sig med att trängas på militärhög- skolans gård för att få en glimt av kistan när den fördes i väg.
Några tusen av Pinochets motståndare hade samlats för en motdemonstration utanför regeringsbyggnaden i Santiago.