Minst 20 personer har skadats, tre av dem allvarligt, av hus som kollapsat.
Värst drabbad är skidorten Hakuba, väster om Nagano, som var en av orterna som höll tävlingar under vinter-OS 1998. Tv-bilder visar tillplattade trähus och lermassor som blockerar en väg.
Jordbävningen, med magnitud 6,2, hade sitt epicentrum på 10 kilometers djup, nordväst om Tokyo.
Japan drabbas av över en femtedel av världens skalv. Det värsta i modern tid inträffade i mars 2011 och mätte 9,0 på momentmagnitudskalan. Skalvet utlöste en tsunami som tillsammans med skalvet dödade minst 17 000 människor och förstörde kärnkraftverket i Fukushima.