Orsaken är att de misstänks ha kopplingar till terrorism.
Bland de konton som har frusits tillhör flera penningöverföringsföretag. Enligt Somalias centralbankschef Bashir Issa har 13 somaliska överföringsföretag fått sina konton stängda.
”Enorma summor”
– Det kommer att slå hårdare mot somalier i Kenya än somalier i Somalia. Penningsummorna som skickas till Kenya från utlandet är enorma, säger Issa.
Över en miljon somalier bor i Kenya. Många är beroende av pengar från släktingar utomlands.
Attacken i Garissa utfördes av den somaliska extremistgruppen al-Shabaab och dödade 148 personer, varav majoriteten studenter.