Skalvet har uppmätts till magnituden 7,0, cirka 15 mil utanför El Salvadors kust på 10,3 kilometers djup. Enligt tsunamivarningscentret för Stilla havet fanns en risk för farliga tsunamivågor inom 30 mil från skalvets epicentrum som ligger cirka 15 mil sydväst om hamnstaden Puerto El Triunfo.
Tsunamivarningen drogs senare tillbaka.
Det fanns inga omedelbara rapporter om skador i landet, uppger räddningsmyndigheter i El Salvador enligt Reuters.
Ett efterskalv med magnituden 6,6 har inträffat nära huvudstaden San Salvador, enligt nyhetskanalen NBC som också rapporterar om strömavbrott i skalvets spår.
En meter höga tsunamivågor rapporterades senare vid El Salvadors och Nicaraguas kuster. Det kraftiga skalvet ska också ha känts i Nicaraguas huvudstad Managua, och även så långt borta som i Costa Ricas huvudstad San Jose.