Hon var enda kandidaten efter att parlamentet för en dryg vecka sedan misslyckades med att välja statschef.
46-åriga Kaljlulaid valdes med 81 ledamöters röster. Det behövdes 68 röster för att bli vald. Sjutton ledamöter lade ned sin röst medan tre var frånvarande.
Ceremoniella uppgifter
Kersti Kaljulaid blir den första kvinnan på presidentposten i Estland. Hon har länge har jobbat i Europeiska revisionsrätten i Luxemburg.
Presidenten har framför allt ceremoniella uppgifter.