49-årige Vejonis är den yngste statchefen hittills i Lettland. Operationen beskrivs som framgångsrik.
Vejonis lades in på sjukhus i måndags, och läkare uppgav då att han skulle kunna fortsätta att arbeta från sjuksängen. Men i tisdags överfördes makten tillfälligt till parlamentets talman, som brukligt när en president inte kan utföra sina arbetsuppgifter.
De senaste veckorna har Vejonis jobbat hårt med att pussla ihop en ny regering sedan premiärminister Laimdota Straujuma plötsligt lämnade sin post i december.