Båten var belägen i närheten av staden Timbuktu och militärlägret i Bamba.
Fler än 50 terrorister ska ha dödats efter regeringsstyrkors motattack.
Tre dagars landssorg har utlysts efter attacken.
Minst 64 döda i dåd i Mali
Minst 49 civila och 15 soldater har dödats efter att militanta islamister gått till attack mot ett militärläger och en båt i nordöstra Mali.
Relaterat
Så arbetar vi
SVT:s nyheter ska stå för saklighet och opartiskhet. Det vi publicerar ska vara sant och relevant. Vid akuta nyhetslägen kan det vara svårt att få alla fakta bekräftade, då ska vi berätta vad vi vet – och inte vet. Läs mer om hur vi arbetar.