Konsekvenserna för vården är allvarliga, säger Dag Bolin på Pingstmissionens utvecklingssamarbete (PMU), som stödjer sjukhuset.
Åtgärden från landets skattemyndighet har motiverats med skattefusk, och har bland annat lett till att cirka 500 anställda inte har kunnat få sin decemberlön.
Sjukhusets grundare, läkaren Denis Mukwege, ser åtgärden som orättfärdig.
– Jag är förbluffad över att enbart Panzisjukhuset är föremål för myndigheternas skattetrakasseri, säger Mukwege i telefon till nyhetsbyrån AFP.
Enligt en lokal människorättsaktivist är åtgärden en bestraffning för att Mukwege kritiserat regeringens undlåtenhet att ställa bland annat våldtäktsmän inför rätta, skriver Reuters. Mukwege brukar enligt Reuters högljutt och ofta kritisera brott mot mänskliga rättigheter och dålig samhällsservice i Kongo-Kinshasa.
– Kritiken mot honom har drabbat sjukhuset, säger människorättsaktivisten Jonas Tshiombela till Reuters.
Grundaren fick Sacharovpriset
Sjukhuset grundades 1999, med hjälp av bland annat svenska pengar från PMU. De senaste 15 åren har sjukhuset specialiserat sig på att behandla offer, främst kvinnor, för sexuellt våld i landets oroliga östra delar, där armén stridit mot rivaliserande miliser. Våldtäkter, i syfte att sätta skräck i civilbefolkningen, har använts som vapen i krigföringen.
Mukwege hedrades nyligen med EU-parlamentets Sacharovpris för att ha hjälpt tusentals offer för gruppvåldtäkterna. I samband med att han tog emot utmärkelsen riktade han i ett tal skarp kritik mot makthavarna i Kongo-Kinshasa.
Han har också fått FN:s pris för mänskliga rättigheter, Olof Palme-priset och Right Livelihood-priset, även kallat det alternativa Nobelpriset. Han intervjuades i Skavlan i oktober 2014.
Andra sjukhus skattebefriade
Enligt Dag Bolin på PMU är det ett känt faktum att kongolesiska myndigheter vill kräva sjukhuset på skatter.
– Vilket är märkligt eftersom sjukhuset är ett referenssjukhus som ingår i statens sjukvårdssystem. Andra sjukhus är skattebefriade, men just det här sjukhuset vill man lägga en skatt på.
Frysningen får enligt honom allvarliga konsekvenser för vården.
– Det innebär att man inte har pengar att betala löner till personalen, inte kan köpa mediciner och annan utrustning.
Såvitt han känner till kan verksamheten än så länge upprätthållas med hjälp av de lager man har.
PMU:s eget bistånd utgör en mindre del av hjälpen till sjukhuset. Organisationen agerar även som kanal mellan EU:s humanitära gren och sjukhuset och förmedlar årligen åtskilliga miljoner euro till sjukhuset.