Enligt Marocko hade två av de döda på den marockanska sidan träffats av gummikulor från den spanska sidan. Spanska styrkor använder inte dessa typer av kulor, hävdar regeringen i Madrid.
Tusentals soldater har nu skickats till området för att få bukt med massförsöken att storma EU:s gräns, sedan 1.000 personer försökt forcera stängslet under natten.
Fler stormningsförsök
– Vi har aldrig sett så många som nu – och så organiserade, sade Jersnimo Nieto, Madrids främste representant i Ceuta, om den stormning som cirka 1 000 afrikanska flyktingar genomförde under natten.
Med hjälp av stegar försökte 500 afrikaner i Ceuta och 500 i den andra enklaven Melilla betvinga såväl gränsstängsel som vaktstyrkor.
Stormningsförsöken har tilltagit den senaste tiden, i takt med att utökat samarbete Marocko-Spanien gjort det svårare för flyktingsmugglare att upprätthålla båttrafiken över Gibraltar sund.
”Brist på hopp”
Spaniens premiärminister José Luis Rodrmguez Zapatero sade vid ett toppmöte med sin marockanske kollega Driss Jettou på torsdagen att han skickat ytterligare 480 soldater för att stärka bevakningen i Ceuta och Melilla. Jettou sade i sin tur att Marocko satt in 1 000 man extra i Ceuta och 600 i Melilla för att få stopp på flyktingvågen.
– Den bakomliggande orsaken till illegal invandring är fattigdom, misär och brist på hopp, underströk Zapatero.
Med det sagt är det dock inte Afrikas mest nödlidande som samlas runt Ceuta och Melilla – de flesta har rest hundratals mil från länder söder om Sahara, en resa som kräver såväl pengar som mental och fysisk styrka.