Khin Maung Latt, 58 år, greps sent i lördags kväll och avled enligt en militärläkare på grund av hjärtproblem. Men bilder av kroppen visar skador på huvud och rygg.
Enligt den tidigare parlamentsledamoten Ba Myo Thein utsattes partiordföranden sannolikt för svår tortyr i fångenskapen.
-Det är fullständigt oacceptabelt, säger Ba Myo Thein.
”Hängdes upp och ned”
Flera andra partiföreträdare greps enligt vittnen natten mot söndagen. Polis och militär försökte även gripa NLD:s informationschef Maung Maung.
– Maung Maungs bror misshandlades av poliser och militärer, han hängdes upp och ned och torterades eftersom de inte hittade någon att gripa, säger en före detta parlamentsledamot.
Nio fackföreningar utlyste på söndagen strejk, med start på måndag, i protest mot militärjuntan.
Runt om i landet fortsatte tiotusentals demonstranter att protestera mot militärstyret och att manifestera till stöd för den folkvalda, fängslade ledaren Aung San Suu Kyi.
Poliser flydde
Rapporter kommer samtidigt om avhopp inom maktapparaten. Myndigheterna i Myanmar har under helgen bett Indien att överlämna åtta poliser som efter kuppen flytt till grannlandet.
Minst 54 personer har enligt FN dödats sedan militärkuppen den 1 februari, då Aung San Suu Kyi och ett stort antal andra civila politiker sattes i husarrest. Maktövertagandet och det brutala våldet mot civila har fördömts av FN och en lång rad länder.
Enligt FN:s människorättschef Michelle Bachelet har över 1 700 människor, varav 29 journalister, gripits sedan kuppen.