– Jag har återvänt till jobbet. Övergångsregeringen är tillbaka och utövar i denna stund makten över staten, säger president Michel Kafando, enligt Reuters.
Tidigare uppgav representanter från båda sidor att armén nått en överenskommelse med kuppmakarna, som hade avsatt både Kafando och premiärminister Yacouba Isaac Zida vid en militärkupp i onsdags.
Kuppen genomfördes av presidentgardet, som är lojala med expresidenten Blaise Compaoré, som styrde Burkina Faso i 27 år, men som avsattes i ett folkligt uppror i fjol.
Pressades internationellt
Kuppen skedde bara veckor innan landet skulle gå till val. Men pressen på kuppmakarna blev stor, både inifrån landet och internationellt, och under gårdagen uppgavs armén förbereda ett anfall mot presidentgardets militärbas.
Enligt avtalet ska kuppmakarna återvända till sin bas och överlämna de fästen de hållit i huvudstaden Ouagadougou. Samtidigt ska deras säkerhet garanteras av armén, som drar tillbaka sina trupper fem mil från huvudstaden, rapporterar nyhetsbyrån AFP.
Ett tiotal personer har dödats och över 100 skadats under oroligheterna.