Enligt åtalet ska Lugo ha misskött sina plikter under de våldsamma sammandrabbningar som uppstod när 150 jordlösa bönder skulle vräkas förra veckan. Minst nio familjer och åtta poliser dödades och händelsen ses som den värsta i Paraguay på två decennier.
President Lugo uppger att han inte kommer att lämna sin post.