Underskotten i regionerna uppgår till motsvarande 120 miljarder kronor, cirka 10 procent av budgetarna, enligt ryska statsrevisorer.
Problemet härrör från dekret från president Vladimir Putins för fyra år sedan, enligt vilka ansvaret för en stor del av välfärdskostnaderna flyttades ut till regionerna, som har olika grader av självstyre. Samtidigt har finansieringen blivit allt dyrare, i skuggan av landets recession, raset för oljepriset och västliga sanktioner för Ukrainakonflikten.
Karen Vartapetov, ekonom på ratinginstitutet Standard & Poor's, varnar för att det kan sluta med inställda betalningar för vissa regioner om federala nödlån inte sätts in.
Krisen hotar att leda till försämrad välfärd och protester.
– Ryssland måste hitta en balans mellan politiska och finansiella kostnader, säger Vartapetov.
Mest illa ute är Mordvinien, vars regionhuvudstad Saransk ska vara med och arrangera fotbolls-VM om två år. Mordviniens skuld ökade 30 procent i fjol, till 33,7 miljarder rubel. Det motsvarar 180 procent av regionens årliga intäkter.
Fakta: Lämnar styrräntan oförändrad
Rysslands ekonomi krympte med 3,7 procent i fjol enligt federal rysk statistik. Många bedömare räknar med att recessionen fortsätter i år, med ett BNP-fall på kanske 1,5 procent.
Centralbanken tvingas dock till följd av ett högt inflationstryck föra en stram penningpolitik, med en styrränta som lämnades oförändrad på 11 procent på fredagen.
Reallönerna föll med cirka 10 procent i fjol, bland annat till följd av inflationen.
Tillväxten i den oljeberoende ekonomin hämmas samtidigt av raset för oljepriset, från nivåer över 115 dollar per fat sommaren 2014 till dagens nivåer kring 40 dollar per fat. Till det kommer sanktioner från västvärlden till följd av Ukrainakonflikten, som bland annat begränsar tillgången på finansiering på kapitalmarknaden.
Rysslands centralbank räknar med ett snittpris på olja på 30 dollar per fat i år och att det gradvis letar sig upp till 40 dollar per fat 2018.