Stone döms för att ha ljugit för kongressen och för att ha manipulerat vittnen i utredningen om rysk inblandning i det amerikanska valet 2016.
Han fälldes redan i november för flera olika brott, men straffet meddelades först på torsdagen.
– Han åtalades inte, som vissa har påstått, för att ha stått upp för presidenten, han åtalats för att ha mörklagt åt presidenten, sade domaren Amy Berman Jackson när hon meddelade domen.
Trump ingrep i processen
Beskedet kom efter en dryg veckas hätsk debatt som började med att president Trump angrep åklagarna i fallet på Twitter och hävdade att deras krav på på sju-nio års fängelse för Stone var ”mycket orättvist”.
Justitieminister William Barr tog därefter avstånd från rekommendationen, vilket fick samtliga åklagare att avgå i protest.
Distriktsdomaren Amy Berman Jackson sade när hon meddelade domen att Stones brott motiverar ett flerårigt straff, men att kravet på sju-nio år var överdrivet.
Försvaret hade yrkat på att den 67-årige Stone skulle dömas villkorligt, detta av hänsyn till hans ålder, hans hälsa och det faktum att han inte är straffad tidigare.