Övervakningsgruppen SITE har identifierat mannen som den 70-årige Jurgen Kantner. Enligt en filippinsk polisrapport avrättades Kantner, en seglingsentusiast, på söndagseftermiddagen.
Abu Sayyaf hade krävt en lösesumma för den tyske mannen på motsvarande cirka 5,5 miljoner kronor och den uppsatta tidsgränsen löpte ut i söndags.
Kantner och hans hustru hade seglat runtom på haven i flera år. 2008 blev paret kidnappade utanför Somalias kust. De hölls fångna i 52 dagar innan de släpptes efter att, enligt uppgifter, ett sexsiffrigt belopp (i dollar) hade betalats ut.
Hustrun dödades direkt
Trots incidenten fortsatte paret att segla och i november 2016 hamnade de i ökända områden i södra Filippinerna, där de övermannades av extremister ur Abu Sayyaf.
Kantners hustru dödades direkt sedan hon, enligt uppgift, försökt slå undan en av kidnapparnas hagelgevär.
Extremiströrelsen, som framför allt opererar i södra Filippinerna, finansierar sig bland annat genom kidnappningar och har bekänt trohet till Islamiska statens (IS) terrorvälde i Syrien och Irak.
Gruppen tros ännu hålla flera personer som gisslan.
Flera kidnappningar
I september i fjol släpptes norrmannen Kjartan Sekkingstad fri av den filippinska extremiströrelsen efter att ha kidnappats på en turistanläggning Mindanao-regionen i september 2015 tillsammans med två kanadensare och en filippinsk kvinna.
Enligt Filippinernas president Duterte betalades en lösesumma för norrmannen. Enligt flera källor rörde det sig om motsvarande 5 miljoner kronor.
De två kanadensarna avrättades i april respektive juni. Den filippinska kvinnan släpptes.